W 2011 roku, w związku z problemami budżetowymi amerykańskiej agencji, ESA zdecydowała, że samodzielnie wyśle sondę przygotowywaną dla misji EJSM.
W wersji bazowej misja miała składać się z dwóch sond: Jupiter Europa Orbiter (JEO) – docelowo orbiter Europy, zbudowany przez NASA, badający księżyce Io i Europę, Jupiter Ganymede Orbiter (JGO) – docelowo orbiter Ganimedesa, zbudowany przez ESA, badający Ganimedesa oraz Kallisto.
Strona japońska i rosyjska wyraziły zainteresowanie uczestnictwem w projekcie, opracowując indywidualne misje: Jupiter Magnetospheric Orbiter do badania magnetosfery Jowisza – misja JAXA, Europa Lander – lądownik księżyca Europa, który miała zbudować i wystrzelić agencja Roskosmos, a jednym z jego zadań miało być zbadanie możliwości istnienia życia.
Wybór misji 12 lutego 2009 roku, podczas spotkania przedstawicieli ekspertów NASA oraz ESA wybrano następną misję klasy Flagship, czyli największą z możliwych kategorii wypraw bezzałogowych. Do ostatniego momentu rywalizowały misje, których celem były dwie największe planety naszego Układu Słonecznego oraz ich księżyce. Konkurentem EJSM była Titan Saturn System Mission (TSSM), czyli misja w kierunku Saturna oraz największego księżyca z układu tej planety – Tytana.