Pewność testu na ustalenie ojcostwa zależy od ilości poddawanych badaniu markerów DNA oraz rozkładu częstości poszczególnych alleli danego markera w populacji. W większości laboratoriów badanych jest 16 markerów, z czego piętnaście dostarcza informacje o pokrewieństwie, a jeden (marker amelogeniny) jedynie o płci badanej osoby. Wyniki testów DNA wykluczają ojcostwo z pewnością 100%, a potwierdzają je z prawdopodobieństwem wynoszącym 99,9999%.
Połowa badanych cech (alleli) dziecka musi zgadzać się z jednym rodzicem. Jednak żeby wykluczyć ojcostwo muszą znaleźć się przynajmniej trzy markery, na których nie ma wspólnych cech dziecka i domniemanego ojca. Jeżeli tylko na jednym markerze cechy dziecka i domniemanego ojca nie zgadzałyby się, mogłoby to wynikać z mutacji. Jeżeli rzeczywiście w grę wchodzi mutacja, najlepiej włączyć do badań profil DNA matki dziecka.
Standardowo do testów na ojcostwo wykorzystuje się wymazy z wewnętrznej strony policzka.