Ośrodek został wyposażony w stanowiska szkoleniowo-treningowe dla kursantów i stanowisko instruktorskie. System umożliwiał równoczesny trening łączności radiowej, przydzielanie zadań, określanie warunków łączności i kontrolowanie postępów uczestników. Zainteresowanie kursami GMDSS doprowadziło do rozszerzenia działalności „AGMOR-u” o kolejne szkolenia przewidziane dla członków załóg statków morskich w przepisach STCW-95.
Po połączeniu obu ośrodków Szkoła Morska rozpoczęła działalność w marcu 1998 roku. W czerwcu uruchomiono 36-miesięczny cykl kształcenia absolwentów szkół średnich prowadzący do uzyskania dyplomu oficera wachtowego. Pierwsza grupa ukończyła szkolenie w 2001 roku. We wrześniu 2002 roku rozpoczęto podobny, 30-miesięczny cykl szkolenia na dyplom oficera mechanika wachtowego.
Kolejnym etapem rozwoju było uruchomienie symulatora nawigacyjnego zakupionego od norweskiej firmy Kongsberg Norcontrol Simulation. Urządzenie odwzorowywało wyposażenie mostka nawigacyjnego i umożliwiało symulowanie ruchu statku w różnych warunkach żeglugowych, w tym wielokrotne ćwiczenie sytuacji awaryjnych. W styczniu 2003 roku bazę dydaktyczną uzupełnił symulator siłowni okrętowej firmy UNITEST z Gdańska.