Po zakończeniu wojny w 1945 zaproponowano mu objęcie katedr chemii fizjologicznej na Uniwersytecie Jagiellońskim, Uniwersytecie Wrocławskim i Uniwersytecie w Gandawie, jako profesorowi zwyczajnemu i honorowemu. Wybrał katedrę w Krakowie, władze sowieckie nie zgodziły się jednak na opuszczenie przez niego ZSRR. W 1946 przyjechał do Krakowa i Wrocławia z wykładami. W 1945 został wybrany na członka Francuskiej Akademii Medycyny w Paryżu, otrzymał doktorat honorowy Sorbony oraz został członkiem towarzystw chemicznych w Londynie, Paryżu i Moskwie. Postanowieniem Prezydium [Krajowej RadyNarodowej z18 stycznia 1946 został odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski. W 1948 został członkiem czynnym Polskiej Akademii Umiejętności. Nie mógł wrócić do Polski, władze sowieckie uniemożliwiły mu również uczestnictwo w I Międzynarodowym Kongresie Biochemii w Londynie w 1948, któremu miał przewodniczyć Jolanta Barańska, Andrzej Dżugaj, Janina Kwiatkowska-Korczak, Życie i tragiczna śmierć Jakuba Karola Parnasa, wybitnego polskiego biochemika, współodkrywcy glikolizy w: Kosmos, t.57 (2008) Numer 1–2 (278–279) s.1-17.