Kościół został poważnie zniszczony w wyniku alianckich nalotów dywanowych, odbudowano go w latach 1956–1984.
W średniowiecznej Kolonii, kapitoliński kościół był obok katedry najważniejszą świątynią Kolonii. Prestiż świątyni nie tylko determinowała nazwa historycznego wzgórza, która tym samym podkreślała rzymski charakter nadreńskiego miasta w aspekcie religijnym. Średniowieczna Kolonia była wielkim ośrodkiem kultu świętych w Europie oraz jednym z najważniejszych na kontynencie punktem docelowym pielgrzymek. Ponadto w kościele NMP na Kapitolu arcybiskup koloński wygłaszał pierwszą po Bożym Narodzeniu Liturgię Słowa, zaś w święto Trzech Króli z tego kościoła wyruszała uroczysta procesja do relikwii monarchów znajdujących się w katedrze.
Architektura Zbudowany na planie treflowym (odmiana planu krzyża z zaokrąglonymi trzema ramionami), kościół NMP na Kapitolu jest trójnawową bazyliką z monumentalnym trójkonchowym chórem. Nawy boczne są zintegrowane z jednolitym obejściem obiegający każde z trzech półkoli chóru. Występują jednakże różnice pomiędzy architektura części prezbiterialnej i nawowej. W korpusie nawowym filary międzynawowe są przysadziste, prostokątne w planie, podczas gdy filary prezbiterium są na planie okrągłym.