Sekularyzacji kraju i reformacji w diecezji pomezańskiej sprzeciwiła się jedynie kapituła pomezańska, natomiast niższe duchowieństwo przyjęło nowe wyznanie. Biskupi sambijski i pomezański opublikowali tzw. agendę pt. „Artikel der Ceremonien und anderen kirchenordung”, w której czytanie Pisma Świętego miało odbywać się tylko w języku narodowym, podobnie jak kazania, śpiewy i sakramenty. Nakazano ograniczenie liczby świąt kościelnych oraz udzielanie chrztu świętego tylko w kościele.
W wyniku rozwoju protestantyzmu diecezja pomezańska zanikła, a jej parafie zostały w 1577 r. objęte administracją biskupów chełmińskich, co zostało potwierdzone przez Stolicę Apostolską w 1601 r.
Obecnie tradycje diecezji pomezańskiej kontynuuje diecezja elbląska. Ponad 90% jej terytorium to dawna diecezja pomezańska. Jej siedzibą były Kwidzyn i Prabuty, mieszczące dzisiaj konkatedry diecezji elbląskiej. Znaczenie kwidzyńskiej katedry wzrosło, kiedy znalazł się tam grób błogosławionej Doroty z Mątowów. Do jej grobu pielgrzymował m.in. Władysław Jagiełło, który odwiedził Kwidzyn po zwycięstwie pod Grunwaldem.
Od 2014 roku katolickie biskupstwo tytularne..