Dorobek naukowy Ilustracja z pracy Schmorla z 1904 roku przedstawiająca żółtaczkę jąder podkorowychSchmorl C. Zur Kenntnis des ikterus neonatorum, insbesondere der dabei auftretenden gehirnveränderungen. Verh Dtsch Pathol Ges 6, 109-115 (1904)|thumb Zajmował się histologią i histopatologią układu kostnego człowieka. Opracował nową metodę barwienia skrawków kostnych (barwienie Schmorla II), inna metoda wprowadzona przez Schmorla pozwalała zredukować objętość tkanki przed poddaniem jej badaniu na obecność bakterii (barwienie Schmorla I). Obie metody opisane były w podręczniku histologii wydanym po raz pierwszy w 1897 i piętnastokrotnie wznawianymSchmorl CG: Die pathologisch-histologischen Untersuchungsmethoden. Leipzig, 1897. Podręcznik znany był wśród studentów jako "der kleine Schmorl" ("mały Schmorl").
Opisał zmiany zwyrodnieniowe kręgów, określane dziś jako guzki Schmorla. Był autorem jednego z pierwszych opisów mielofibrozy. Dawniej wypuklinę krążka międzykręgowego określano mianem "choroby Schmorla".
W 1893 roku jako pierwszy wykazał obecność komórek płodu w organizmie ciężarnej i zasugerował rolę łożyska w patogenezie rzucawki.
W 1904 roku wprowadził do medycyny termin kernicterus, na określenie żółtaczki jąder podstawy mózgu.