W latach 1979–1988 była także posłanką do Parlamentu Europejskiego.
Emma Bonino stała się jednym z liderów Partii Radykalnej, po jej rozwiązaniu (pod koniec lat 80.) współorganizowała kolejne listy wyborcze skupiające działaczy tego ruchu. W 1994 radykałowie przystąpili do centroprawicowej koalicji Silvia Berlusconiego w okresie jego pierwszego rządu. W zamian za poparcie polityczne tego gabinetu Emma Bonino została włoskim przedstawicielem w Komisji Europejskiej, obejmując tekę komisarza UE ds. zdrowia i ochrony konsumentów. Do dymisji podała się 15 marca 1999 wraz z całą KE Jacques’a Santera w związku z zarzutami defraudacji i nepotyzmu wobec jednego z jej członków (komisarz Édith Cresson). Końcowy raport sporządzony w tej sprawie wskazywał jednak na szereg nieprawidłowości w postępowaniu większości pozostałych komisarzy, w tym także Emmy Bonino, której zarzucano brak kontroli i kreatywną księgowość przy programach pomocy humanitarnej.