W sierpniu 1944 jego grupa, po utracie łączności z NSZ, weszła w skład Armii Krajowej. Brał udział w odbiorze zrzutów broni, m.in. w nocy z 27 na 28 kwietnia 1944 ubezpieczał placówkę odbiorczą „Wrona” w okolicach Radomyśla Wielkiego. W sierpniu 1944 jego oddział stanowił podstawę do sformowania oddziału AK „Hejnał”, który wziął udział w akcji „Burza”, w ramach której współpracował z Armią Czerwoną. 6 sierpnia jego żołnierze wkroczyli do Mielca, gdzie nie dopuścili do zniszczenia fabryki lotniczej.

Walka z komunistami i Armią Czerwoną Po wyzwoleniu Lis zgłosił się do służby w MO, ale wobec jego odmowy udziału w wyłapywaniu akowców został w październiku 1944 aresztowany przez NKWD. Udało mu się zbiec z więzienia w Mielcu poprzez wyłamanie drzwi do aresztu. Ukrywał się w Kolbuszowej oraz Hykach Dębiakach, gdzie podjął pracę w tamtejszym młynie jako strażnik i magazynier. Został rozpoznany, w marcu 1945 funkcjonariusze MO z Kolbuszowej nieskutecznie próbowali go aresztować. Wiosną rozpoczął formowanie oddziału partyzanckiego z żołnierzy AK i BCh, wkrótce oddział osiągnął liczebność ok. 100 osób. W maju 1945 podporządkował oddział komendantowi powiatowemu NSZ w Mielcu kpt. Janowi Fijałkowskiemu, a w czerwcu otrzymał awans na stopień chorążego. W połowie 1946 oddział Lisa stał się częścią zgrupowania WiN dowodzonego przez mjr.