W roku 1944 brał udział w wyzwalaniu Pruchnika w ramach akcji Burza. Należał do oddziału, który we wrześniu 1944 roku podjął próbę przedostania się do Warszawy.
Lata powojenne W latach 1945–1949 Jerzy Strojnowski studiował medycynę w Akademii Medycznej w Krakowie, a od roku 1949 również pedagogikę i filozofię w Uniwersytecie Jagiellońskim. Pracował w tym czasie jako stenograf posiedzeń Towarzystwa Lekarskiego Krakowskiego. Po ukończeniu studiów medycznych pracował jako lekarz w Wojewódzkiej Stacji Pogotowia Ratunkowego w Krakowie, a następnie jako asystent w Klinice Neurologicznej AM w Krakowie. W wyniku szykan UB jesienią opuścił Kraków i przeniósł się do Lublina, gdzie kontynuował studia na Wydziale Filozofii Chrześcijańskiej KUL. 20 grudnia 1951 uzyskał tam stopień doktora nauk medycznych na podstawie rozprawy Stosowanie metod statystycznych w pracy klinicznej. W następnym roku rozpoczął pracę na uczelni, podejmując wykłady z zakresu nauk biologicznych (biologicznych podstaw zachowania się i psychologii fizjologicznej).