Niewielka komplikacja pojawia się przy uruchamianiu z dysku CD-ROM, gdyż standard El Torito posiada dwa tryby uruchamiania: emulacja dyskietki, w którym informacje o programie rozruchowym są pobierane z obrazu dyskietki na dysku CD-ROM – zwykle jest to obraz systemu plików FAT, w tym przypadku programem rozruchowym musi być SYSLINUX brak emulacji dyskietki, w którym informacje o programie rozruchowym są zapisane bezpośrednio na płycie CD-ROM (a nie w obrazie dyskietki), programem rozruchowym musi być ISOLINUX Wybór metody uruchamiania z dysku CD-ROM jest ważny w przypadku komputerów sprzed roku 1999, gdyż ISOLINUX może wtedy powodować trudnowykrywalne błędy. W nowoczesnych komputerach (tych po 1999 roku) lepiej jest korzystać z trybu bez emulacji dyskietki, gdyż jest on szybszy.
PXELINUX jest stosowany w połączeniu z kartami sieciowymi obsługującymi PXE. Środowisko PXE korzysta z serwerów DHCP oraz BOOTP do ustawienia podstawowej komunikacji TCP/IP, następnie ściągany jest program rozruchowy poprzez TFTP. Program rozruchowy ładuje i konfiguruje