Początkowo zajęcia odbywały się w budynku Wydziału Elektrycznego przy ul. Wincentego Pstrowskiego (przemianowanej na ul. Akademicką 10) oraz przy ul. Marcina Strzody, gdzie mieścił się wówczas również dziekanat. W roku 1967 rozpoczęto budowę nowego gmachu Wydziału Automatyki według projektu Rudolfa Witwickiego, która trwała do roku 1973. W roku 1971 ze względu na trwający rozwój jednostki, nazwę wydziału zmieniono na Wydział Automatyki i Informatyki. Swoją ostateczną nazwę (Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki) Wydział otrzymał w roku 1984.
Władze Wydziału W historii wydziału funkcję dziekana pełnili następujący nauczyciele akademiccy: prof. dr inż. Tadeusz Zagajewski (1964–1968) prof. dr inż. Henryk Kowalowski (1968–1973) doc. dr inż. Jerzy Kopka (1973–1981 oraz 1987–1990) prof. dr inż. Stanisław Malzacher (1981–1984) prof. dr hab. inż. Ryszard Gessing (1984–1987) prof. dr hab. inż. Jan Chojcan (1990–1996) prof. dr hab. inż. Stanisław Kozielski (1996–2002) prof. dr hab. inż. Jerzy Rutkowski (2002–2008) prof. dr hab. inż. Zdzisław Duda (2008–2012) prof. dr hab. inż. Adam Czornik (2012–2019) prof. dr hab. inż. Joanna Polańska (2019–2020)