Note Records, 24 października 2000) Electric Tonic (Indirecto Records, 31 października 2001) – zapis z koncertu, który odbył się 4 lipca 1998 r. w klubie Tonic; nakład limitowany Uninvisible (Blue Note Records, 9 kwietnia 2002) End of the World Party (Just in Case) (Blue Note Records, 7 września 2004) Out Louder (jako Medeski Scofield Martin & Wood) (Indirecto Records, 26 września 2006) Let's Go Everywhere (Little Monster Records, 8 stycznia 2008) – album jazzowy adresowany do dzieci Zaebos: Book of Angels Vol.11 (Tzadik Records, 19 sierpnia 2008) – album z kompozycjami Johna Zorna The Radiolarian Series (Three-album Project, Indirecto Records 2008-2009) Radiolarians I (30 września 2008) Radiolarians II (14 kwietnia 2009) Radiolarians III (4 sierpnia 2009)
Kompilacje (MMW) Last Chance to Dance Trance (Perhaps) (Gramavision 1991-1996) (12 października 1999) Note Bleu: Best of the Blue Note Years 1998–2005 (Blue Note Records, 4 kwietnia 2006)
Remiksowane EP-ki (MMW) Bubblehouse (Gramavision Records, 8 kwietnia 1997) Combustication Remix EP (Blue Note Records, 20 kwietnia 1999)