Budowę własnego kościoła i kolegium w Bydgoszczy jezuici rozpoczęli w 1637 r. po uzyskaniu odpowiednich nadań od biskupa Kaspra Działyńskiego, a później od wielkiego kanclerza koronnego Jerzego Ossolińskiego. Wcześniej zakonnicy nabożeństwa odprawiali w darowanej im kaplicy w farze, a szkołę prowadzili w kamienicy na rynku.
Pracami budowlanymi kierował murator Wojciech PrzybyłkowiczBył bratem zakonnym jezuitów, kwalifikacje budowlane zdobył pracując pod kierunkiem włoskich architektów Giacomo Briana i Benedykta Molliego., uprzednio pracujący przy wznoszeniu kościołów i innych budynków w jezuickich Ostrorogu (1627-1636, 1640-1641), Jarosławiu (1636-1639) oraz Brześciu Litewskim (1642-1644). Do Bydgoszczy przybył w 1644 roku i kierował pracami budowlanymi do 1653 roku, po czym został przeniesiony do Poznania, gdzie kierował remontem tamtejszego kościoła Jezuitów.
Nie wiadomo, kto był autorem planów budowy kościoła i kolegium ani kto kierował ich budową przed przybyciem brata Wojciecha. Pod jego opieką zakończono na przełomie 1648/1649 roku budowę kościoła, który 27 maja 1649 roku został poświęcony przez archidiakona warszawskiego.