Rok później, w wyniku abdykacji Jana Kazimierza los ten czekał także pozostałe mennice koronne i litewskie.
Za panowania Michała Korybuta Wiśniowieckiego (1669–1673) wybijano w bydgoskiej mennicy monety okazowe oraz drobne monety złote. Były to jedyne monety wybite w Polsce za panowania tego monarchy. Mennicę otwarto ponownie dopiero w 1677 r. i wówczas przez dwa lata zakład w Bydgoszczy był jedyną działającą oficyną państwową w kraju (dwa lata później otwarto mennicę w Krakowie). Dzierżawę zakładu oddano Tytusowi L. Boratiniemu, a następnie Włochowi Bartłomiejowi Sardi.
W okresie do 1688 r., kiedy działalność mennicy na dobre zamarła, sytuacja zmieniała się jak w kalejdoskopie. Dzierżawcy zmieniali się, a na Sejmach trwały niekończące się dyskusje na temat polityki monetarnej, nie kończące się jednak żadną konkluzją.
Z okresu późniejszego nie ma śladów działalności mennicy. Zakład prawdopodobnie stał nieużywany, aż blisko 100 lat później (1765 r.) Komisja Skarbu nakazała przewieźć pozostałości bydgoskiej mennicy do Warszawy.