W 1527 król Gustaw I Waza nakazał zniszczenie kościoła i klasztoru z powodów obronnych. Zdołano tylko uratować dwa skrzydła ołtarza szafkowego, zachowane do chwili obecnej. Syn króla, Jan III Waza okazał się, w przeciwieństwie do ojca, budowniczym wielu kościołów. Nakazał on zbudowanie obecnego kościoła św. Klary na miejscu zniszczonego wcześniej założenia. Wzniesienie budowli zlecił holenderskiemu budowniczemu Henrikowi van Huwen i przypuszczalnie również swemu nadwornemu architektowi Willemowi Boyowi.
Kościół został wzniesiony z cegły na planie krzyża łacińskiego z poligonalnie zamkniętym prezbiterium i wieżą zachodnią zwieńczoną wysokim hełmem. Wnętrze kościoła jest jednonawowe przekryte sklepieniem kryształowym. Od strony wschodniej i zachodniej do północnego ramienia transeptu przylegają dwie zakrystie. Do obu szczytów transeptu dobudowane zostały klatki schodowe.
Kościół (nawa, transept, prezbiterium i wieża) został zbudowany w latach 1572–1590. W 1651 wzniesiono zachodnią zakrystię, przebudowaną w 1835. Hrabina Agneta Wrede zleciła zbudowanie południowego portalu, który został ozdobiony herbami rodów Wrede i Lillie.
Klatka schodowa przy południowym ramieniu transeptu została zbudowana w 1726, prawdopodobnie według projektu architekta Görana Adelcrantza.