W 1830 roku władze pruskie przystąpiły do rozbiórki ruin ratusza. Prace rozbiórkowe ukończono w 1834 roku. Wówczas zapadła się w tym miejscu część rynku i ukazały się podziemne sklepienia, gdzie znaleziono broń białą i łańcuchy. Do ratusza prowadziło podobno wtedy kilka ganków podziemnych, np. do zamku, kościoła jezuitów, w kierunku ulicy Długiej, do klasztoru karmelitów za rzekę Brdę. W latach 1862–1919 i 1940-1945 w miejscu Ratusza stał pomnik króla Prus Fryderyka II Wielkiego.
Pod płytą Starego Rynku znajdują się jedynie fundamenty ratusza. W maju 2010 roku w związku z planowaną przebudową płyty rynku przeprowadzono badania archeologiczne. Podczas wykopalisk wykryto dobrze zachowane fundamenty ratusza, wieży oraz kramów kupieckich. Dodatkowo odkryto ślady osadnictwa z przedlokacyjnego okresu historii miasta: między innymi z XII wieku oraz z okresu kultury pomorskiej (II-III wiek przed naszą erą)Jakie tajemnice kryje bydgoski Stary Rynek dostęp 17-06-2010. Ponowne badania w roku 2016 odkryły fundamenty kilkudziesięciometrowej wieży zbudowane z kamieni otoczakowych, zaprawy murarskiej i gruzu ceglanego, jak też kamienne posadzki piwnic ratusza oraz kanał kominowy znajdujący się w narożniku głównej bryły gmachu.