W pracy naukowej zajmował się m.in. historią języka litewskiego i dialektologią. Jest autorem wielu publikacji naukowych, w tym zawartej w sześciu tomach historii języka litewskiego (1984–1995). Jako pierwszy lingwista zajął się tzw. słowniczkiem Wiaczesława Zinowa, świadectwem języka jaćwieskiego.
Postawa wobec mniejszości polskiej na Litwie W 1988 Zigmas Zinkevičius został członkiem organizacji nacjonalistycznej Vilnija, której głównym celem była jak najszybsza lituanizacja Wileńszczyzny. Organizację, której przewodniczył Kazimieras Garšva, określano jako antypolską.
W czasie sprawowania funkcji ministra oświaty i nauki przyczynił się do zintensyfikowania polityki lituanizacji mniejszości polskiej mieszkającej na Litwie. Głosił tezę, że na Litwie nie ma Polaków, tylko „spolonizowani Litwini” lub tzw. tutejsi (lit. čiabuviai). Był także propagatorem teorii tzw. „wiczów”, według której mieszkańcy Wileńszczyzny, mający nazwiska kończące się na „-wicz” i używający dialektu polsko-białoruskiego, to w rzeczywistości etniczni Litwini.