Długoletni spowiednik sióstr, bp pomocniczy archidiecezji lwowskiej Józef Weber wyznaczył na 24 stycznia 1897 termin wyboru nowej ksieni, na którą stosunkiem głosów 11:8 ostatecznie ją wybrano. Na tym stanowisku okazała się bardzo energiczna, wprowadzając duże ożywienie i nowe zasady funkcjonowania wspólnoty (m.in. redukcję urzędów w klasztorze i kumulację obowiązków). Podjęła się wówczas prowadzić nowicjat, rezygnując jednocześnie z powołania na urząd przeoryszy. Sama zamieszkała w skromnej celi udostępniając wolne pomieszczenie na salę szkolną.
Wkrótce, w lipcu 1899 zainicjowała budowę nowego domu wypoczynkowego dla benedyktynek w podlwowskich Lesienicach. Wykonanie wszystkich prac stolarskich w tym domu powierzyła Pawłowi Podruckiemu, byłemu wychowankowi klasztoru, który później okazał się oszustem przywłaszczając sobie sporą sumę pieniędzy, a jednocześnie skierował on dodatkowe, nieuzasadnione oskarżenia o charakterze obyczajowym w jej kierunku. W toku prowadzonego śledztwa sądowego i kurialnego uznano, że bezprawnie zadysponowała ona pieniędzmi, a władza duchowna lwowskiego Kościoła nakazała jej wyjechać z miasta.