W swojej współczesnej formie ekslibrisy wyewoluowały z prostych inskrypcji na manuskryptach. Stemple z ekslibrisem były powszechną metodą identyfikacji w bibliotekach powstających w średniowiecznej Europie. Początkowo ekslibrisy nie pełniły funkcji estetycznych, lecz określał tylko właściciela danej książki. Były to proste formy w postaci krótkiej lub długiej notatki właściciela. Najwcześniejsze znane przykłady drukowanych ekslibrisów pochodzą z Niemiec, z XV wieku. Jednym z najlepiej znanych przykładów z tej epoki jest mała, ręcznie kolorowana odbitka drzeworytnicza z około 1480 roku, reprezentująca tarczę herbową podtrzymywaną przez anioła, która była zamieszczana w książkach przekazanych do zakonu kartuzów w Buxheim przez brata Hildebranda Brandenburga z Biberach. Drzeworyt, podobnie jak inne zdobienia stosowane w średniowiecznych manuskryptach, jest ręcznie malowany.