Jego nazwa rodzajowa, Amblyrhynchus, jest połączeniem dwóch greckich słów, Ambly- od Amblus (ἀμβλυ) oznaczającego „stępiony” i rhynchus (ρυγχος) oznaczającego „pysk”. Jego nazwa gatunkowa pochodzi od łacińskiego słowa cristatus oznaczającego „grzebień” i odnosi się do niewielkiego grzebienia z kolcami wzdłuż grzbietu zwierzęcia.
Amblyrhynchus jest rodzajem monotypowym, posiadającym tylko jeden gatunek – Amblyrhynchus cristatus.
Ewolucja Naukowcy stawiają tezę, że legwany lądowe (rodzaj Conolophus) i legwany morskie wyewoluowały od wspólnego przodka po przybyciu na wyspy z Ameryki Środkowej lub Południowej, przypuszczalnie na naturalnych tratwach. Legwany lądowe i morskie z Galapagos tworzą klad, którego najbliższymi krewnymi są legwany Ctenosaura z Meksyku i Ameryki Środkowej. Na podstawie badań, które opierały się na mtDNA, szacuje się, że legwan morski wyodrębnił się z legwanów lądowych około 8-10 milionów lat temu, czyli wcześniej niż którykolwiek z żyjących na wyspach Galapagos. Dlatego też tradycyjnie uważano, że gatunki macierzyste zamieszkiwały te części wulkanicznego archipelagu, które obecnie są zatopione.