Historia Zybułtowo zostało założone w XIV wieku, kiedy w 1366 r. komtur dzierzgoński Hartung von Sonnenborn nadał Henrykowi ze Stębarka, Stanclawowi i Peterowi Bartoszowi 30 włók z trzynastoma latami wolnymi od czynszu. W 1414 wielki książę Witold pisał z Brodnicy do komtura w Ostródzie, by wydał żonę Piotra Sławka w zamian za uwolnienie trzech pruskich jeńców, w tym Hanusa Cunreta z Zybułtowa (dostali się do niewoli w czasie wojny polsko-krzyżackiej, zwanej wojną głodową). W 1433 r. właścicielem dóbr w Zybułtowie by Jan Bażyński. Abraham von Seybolde z Zybułtowa około 1445 r. wstąpił do zakonu Kartuzów. W 1454 r. Jerzy z Zybułtowa (członek Związku Pruskiego) prosił wielkiego mistrza o wydanie listu żelaznego i łaskę za niewierność. Z dokumentów wynika także, że w 1456 r. niejaki Michał Finck (najprawdopodobniej właściciel Zybułtowa) znalazł się w niewoli wojsk Związku Pruskiego i osadzono go w wieży zamku w Nidzicy. Za jego uwolnienie żądano okup w wysokości dwustu marek. W 1519 r. w Ostródzie stawiło się 11 uzbrojonych chłopów z Zybułtowa. W 1540 r. Zybułtowo było własnością Albrechta Fincka. W tym czasie we wsi był sołtys, młynarz, dziesięciu chłopów, czterech zagrodników i jeden pastuch. O właścicielu Zybułtowa zachowały się jeszcze inne ślady w dokumentach. Na przykład w 1542 r.