Za pierwsze znane udokumentowane użycie nazwy Skomielna przyjmuje się wzmiankę w dokumencie lokacyjnym wsi Rabka (prawo magdeburskie) wystawionym przez Mikołaja, dziedzica z Niewiarowa dla Andrzeja i Piotra, synów kmiecia Jakusza z Olszówki w dniu 16 marca 1446 roku. Znajduje się tam nazwa potoku granicznego miejscowości: usque ad verticem Skomylna,od nurtu Glynyasty, aż do nurtu Skomylna). W 1550 z fundacji Jana Spytka Jordana powstał pierwszy kościół i „fara” (istniała do 1565). W 1565 roku przeniesiono Skomielną z parafii Łętownia do parafii Rabka.
W 1772 roku w wyniku I rozbioru Polski miejscowość przeszła pod władzę Austrii Habsburgów. W 1776 roku zakończono budowę kościoła modrzewiowego pod wezwaniem św. Sebastiana. W 1885 roku utworzono szkołę publiczną. W 1896 powstała parafia Skomielna Biała (po odłączeniu się od Rabki). W 1911 założono Ochotniczą Straż Pożarna.
3 września 1939 roku wojska niemieckie spaliły część wsi i kościół w odwecie za czynny opór stawiany przez 10. Brygadę pancerno-motorową płk. Stanisława Maczka (jedna z bitew kampanii wrześniowej znana jako 'bitwa o Wysoką pod Jordanowem').