Przy powstałym kościółku na terenie grodowego cmentarza, aż do 1346 r. nie było parafii, ani nawet uposażenia ziemskiego. Była to świątynia filialna, gdzie rezydował stały pleban utrzymywany przez księcia lub też dojeżdżał konno z kościoła parafialnego pw. św. Marii Magdaleny w Wyszogrodzie (odległość ok. 11 km).
Bydgoszcz we wczesnym etapie dziejów rozwijała się w cieniu starszego sąsiada – Wyszogrodu, gdzie powstał wcześniej kościół parafialny i nie było potrzeby budowania kolejnego. Wyszogród został zniszczony w 1330 r. i dopiero wtedy wraz z awansem Bydgoszczy, pojawiła się potrzeba utworzenia parafii.
Istnieją wzmianki, że podczas szturmu Bydgoszczy przez armię krzyżacką w lipcu 1330 r. zabito plebana przy kościele św. Idziego oraz załogę wojskową grodu. Z życiem uszedł natomiast kasztelan, ponieważ brał później udział w obronie Brześcia.
O starej dacie kościoła grodowego świadczy jego patron – św. Idzi – bardzo popularny w XII-XIII wieku święty, którego przyczynie przypisywano pozbycie się bezpłodności przez żonę Władysława Hermana Judytę (matkę Bolesława Krzywoustego).