Książki otrzymywali do użytku poszczególni zakonnicy, najczęściej kaznodzieje.
Księgozbiór bernardynów bydgoskich posiadał dzieła zgrupowane w kilku działach: dział teologiczny, w którym znalazły się dzieła autorów katolickich oraz przedstawicieli reformacji i kontrreformacji, dział filozoficzny, w którym znajdują się dzieła autorów starożytnych, scholastyków, filozofów okresu Odrodzenia (Jan ze Stobnicy, Michał Wrocławczyk) dział historyczny, w którym dominują dzieła klasyków rzymskich. Oprócz tego w bibliotece znajdowały się książki reprezentujące takie dyscypliny naukowe jak prawo, geografia, matematyka, astronomia, górnictwo i hutnictwo, nauki medyczne. Największą wartość zabytkową i artystyczną posiadają inkunabuły, które ozdobione są kolorowymi inicjałami wykonanymi przez miejscowego bernardyna brata Aleksego, skryptora słynącego ze zdobienia antyfonarzy.