Historia Pierwsza świątynia Początki kościoła związane są z przybyciem w 1397 r. karmelitów do Bydgoszczy. W tradycji wiąże się sprowadzenie zakonu z pobytem w mieście św. Jadwigi (królowej Jadwigi Węgierskiej)Malewski Zygmunt. Bractwo Matki Boskiej Szkaplerznej w Bydgoszczy. In. Przegląd Bydgoski Rocznik 1 R.1937 z.3-4. Po jej śmierci dzieło uposażenia klasztoru kontynuował jej małżonek król Władysław Jagiełło, który zobowiązał starostów bydgoskich do opieki nad konwentem.
Dokładna data powstania klasztoru karmelitów w Bydgoszczy nie jest znana. Pierwsza wzmianka pochodzi z 2 listopada 1398 r., kiedy opisano już jako istniejące: kościół klasztorny z kryptą grzebalną oraz salę kapitulną. Fundacja bydgoska karmelitów należała do najstarszych w Polsce, obok Gdańska (1380), Krakowa (1395) i Poznania (1399). Przeor bydgoskiego konwentu, zgodnie z zasadą starszeństwa, zasiadał zawsze na trzecim miejscu w czasie kapituł prowincji czesko-polskiej (po gdańskim i krakowskim).