rozpoczął zawodową karierę w zespole Volley Del Colle, grającym wówczas w Serie A2. Klub z Gioia del Colle wygrał rozgrywki ligowe, ale Nilsson nie zadebiutował w Serie A1, ponieważ podpisał kontrakt z greckim Pannelinios GS. Reprezentował ten klub przez kolejne dwa lata. W 2004 roku drużyna z Aten zajęła pierwsze miejsce w greckiej drugiej lidze, a rok później została szóstą drużyna Grecji. Marcus Nilsson był najlepiej punktującym zawodnikiem ligi greckiej. Otrzymał również nagrody dla najlepiej zagrywającego i najlepiej atakującego siatkarza.
Po zakończonym sezonie przeniósł się do Francji, by reprezentować Paris Volley. Z tym zespołem został mistrzem Francji. W tym samym sezonie drużyna z Paryża uczestniczyła w turnieju „Final Four” Pucharu CEV. W meczu półfinałowym z Lube Banca Marche Macerata, w decydującym momencie trzeciego seta, Marcus dotknął siatki, co zauważył drugi sędzia. Główny arbiter nie dostrzegł tego i zadecydował o przyznaniu punktu drużynie z Paryża. Marcus jednak przyznał się do błędu, a sędzia główny zmienił swoją decyzję, co miało wpływ na końcowy wynik. Za swoją postawę 23 letni wówczas Marcus Nilsson został uhonorowany Nagrodą Fair Play przez Europejska Konfederacje Piłki Siatkowej.