Od marca 1946 terenowe jednostki KBW wraz z UB, MO, ORMO podporządkowane były wojewódzkim komisjom bezpieczeństwa, podległym Państwowej Komisji Bezpieczeństwa.
Zgodnie z zarządzeniem premiera z 24 czerwca 1965, KBW do końca tegoż roku uległ rozwiązaniu, a jego jednostki weszły w skład Wojsk Obrony Wewnętrznej w ramach systemu Obrony Terytorialnej Kraju. Kilka pododdziałów przeniesiono do Nadwiślańskiej Brygady Ochrony Rządu (powiększonej o trzy bataliony – batalion łączności, batalion szkolenia rezerw Milicji Obywatelskiej i Służby Bezpieczeństwa z limitu Ministerstwa Spraw Wewnętrznych oraz Samodzielnej Eskadry Lotnictwa).
Struktura organizacyjna KBW Stan na 29 września 1961: dowództwo i sztab Zarząd Polityczny Szefostwa: Służby Samochodowej, Artylerii i Broni Pancernej, Służby Chemicznej, Wojsk inżynieryjnych Pododdziały zabezpieczenia: batalion łączności (Warszawa), kompania łączności radioliniowej, kompania samochodowa, kompania ochrony, eskadra lotnictwa łącznikowego, magazyn rezerw Brygada Ochrony Rządu (Warszawa) 1 Mazowiecka Brygada KBW (Góra Kalwaria) 2 Podlaska Brygada KBW (Białystok) 5 Brygada KBW Ziemi Krakowskiej (Kraków) 3 pułk KBW (Lublin) 6 pułk KBW (Katowice) 7 pułk KBW (Kielce) 10 Wielkopolski pułk KBW (Poznań) 11 Dolnośląski pułk KBW (Wrocław Jelenia Góra) 12 pułk KBW Ziemi Szczecińskiej