Po torturach 18 lipca 1651 roku został nabity na pal. Następnie ciała (jego oraz Łętowskiego) powieszono na szubienicyRomuald Romański, Najsłynniejsze bękarty w dziejach Polski. Losy pozamałżeńskich dzieci królów i książąt polskich, Warszawa 2012, s. 69.. Po kilku dniach ciała zostały zabrane i pochowane w nieznanym miejscuRomuald Romański, Najsłynniejsze bękarty w dziejach Polski. Losy pozamałżeńskich dzieci królów i książąt polskich, Warszawa 2012, s. 70.. .
Zdaniem profesorów Pawła Wieczorkiewicza i Janusza Tazbira, Aleksander Kostka-Napierski miał kontakty z emisariuszami Bohdana Chmielnickiego. Jednakże inni historycy, jak Adam Kersten, podchodzą ostrożnie do jego powiązań z królem szwedzkim, Bohdanem Chmielnickim czy dworem Rakoczych.
Postać Aleksandra Kostki-Napierskiego w kulturze Bohater powieści Kazimierza Przerwy-Tetmajera Maryna z Hrubego, Władysława Orkana Kostka Napierski. Powieść z XVII wieku, Jalu Kurka Nad Czorsztynem się błyska. O Kostce Napierskim opowieść prawdziwa, dramatu Jana Kasprowicza Bunt Napierskiego, ballady Lucjana Siemieńskiego Napierski oraz filmu w reżyserii Jana Batorego Podhale w ogniu. Patron ulic m.in.