Socjaldemokraci w wyborach w 2005 nie przekroczyli wyborczego progu, Izabella Sierakowska nie uzyskała wówczas poselskiej reelekcji. W wyborach samorządowych w 2006 ubiegała się o urząd prezydenta Lublina z ramienia KKW SLD+SDPL+PD+UP Lewica i Demokraci. W I turze zajęła pierwsze miejsce (25,3% głosów). W II turze uzyskała 37,6% głosów, przegrywając z kandydatem Platformy Obywatelskiej Adamem Wasilewskim. W tych samych wyborach została wybrana na radną Sejmiku Województwa Lubelskiego III kadencji (dostała 15 667 głosów), w którym przewodniczyła Komisji Rewizyjnej.
W wyniku wyborów parlamentarnych w 2007 powróciła do Sejmu. Została wybrana jako kandydatka koalicji Lewica i Demokraci w okręgu nr 6, otrzymując 24 870 głosów. W VI kadencji dołączyła do Komisji Obrony Narodowej oraz Komisji Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa. Przez 3 miesiące kierowała Komisją Etyki Poselskiej. Od kwietnia 2008 zasiadała w kole poselskim SDPL (do września 2009 działającym pod nazwą SdPL-Nowa Lewica).