d) wezwanie do pracy na wszystkich odcinkach w imię ideału wolności i niepodległości. (…) nieodcięcie się kierownictwa AK od roboty NSZ, wzmacnia żywioły reakcyjne w AK (…) AK, jeżeli ma pozostać historyczną własnością całego narodu, nie może realizować celów politycznych, które idą na rzecz ONR, nie może nawet sprawiać pozorów, iż dąży do wprowadzenia do życia politycznego obozu reakcyjnego”.

Pobyt w więzieniu (1945–1956) 11 sierpnia 1945 został aresztowany przez kierownika Departamentu VIII Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego płk. Józefa Różańskiego i osadzony w więzieniu mokotowskim, a w styczniu 1946 skazany na 10 lat więzienia za działalność w DSZ. W więzieniu w Rawiczu był brutalnie traktowany. O jego zwolnienie zabiegali liczni działacze komunistyczni oraz premier Edward Osóbka-Morawski. Na początku 1947 podpisał w Rawiczu zobowiązanie do współpracy z władzami bezpieczeństwa. W 1948 zeznawał w procesach płk. Wacława Lipińskiego i Stanisława Kasznicy. Jesienią 1948 wszczęto wobec Moczarskiego kolejne śledztwo w sprawie rzekomego mordowania komunistów w czasie okupacji przez KWP KG AK. Był torturowany w więzieniu mokotowskim, gdzie w 1949 dzielił celę z Czesławem Śmiecińskim i Edwardem Kemnitzem.