ale odebrano mu wówczas parafię. Krótko potem do Bremgarten przybył Johann Heinrich, obejmując funkcję duszpasterza i opiekując się ojcem. Założył też rodzinę, żeniąc się z Anną Aldischweiler (byłą zakonnicą). Podobno tworzyli bardzo udany związek i doczekali się jedenaściorga dzieci. Wszyscy synowie zostali pastorami. Żona i trzy córki zmarły w Zurychu, podczas epidemii dżumy w 1565. Rodziną opiekował się znany lekarz Konrad Gesner.
Po wojnie kantonów protestanckich z katolickimi i pokoju w Kappel w 1531, Johann Heinrich musiał opuścić Bremgarten. Udał się do Zurychu, gdzie został obrany następcą Ulricha Zwingliego. Zasłużył się dla miasta, reformując zarząd miasta i szkolnictwo.
W 1536 przedstawił wraz z innymi teologami szwajcarskimi (Oswaldem Myconiusem i Leonem Judą) pierwszą konfesję wiary ewangelików reformowanych. Została przyjęta w Zurychu, Bernie, Bazylei, Schaffhausen, St. Gallen i Biel/Bienne. W 1549 opracował z Kalwinem wspólne stanowisko w sprawach teologicznych („Consensus Tigurinus”), co zmniejszyło spory między ewangelikami reformowanymi a kalwinistami.