założony został Park Golden Gate. Powstały nowe szkoły, kościoły, teatry i inne obiekty użyteczności publicznej. Presidio, teren dawnego hiszpańskiego fortu, przekształcił się w najważniejszą amerykańską instalację wojskową na wybrzeżu Pacyfiku. Na przełomie XIX i XX wieku miasto było znane ze swojego krzykliwego stylu, okazałych hoteli, wytwornych rezydencji skupionych na i rozkwitającej sztuki.
mały|upright=3.0|centruj|„W całej historii świata nie znajdziemy nowoczesnego, dużego miasta, które zostałoby tak doszczętnie zniszczone. Nie ma już San Francisco.” – Jack London po trzęsieniu ziemi z 1906
W 1906 roku San Francisco nawiedził największy kataklizm w jego historii. 18 kwietnia 1906 o 5:12 silne trzęsienie ziemi obróciło miasto w ruinę. Część budynków zawaliła się od wstrząsów, a następnie, wskutek uszkodzeń linii gazowych, wybuchły gigantyczne, wielodniowe pożary, które strawiły większą część pozostałej zabudowy. Ponieważ uszkodzone wodociągi uniemożliwiały skuteczne gaszenie ognia, artylerzyści z Presidio próbowali opanować rozprzestrzenianie się pożarów, wysadzając w powietrze kwartały budynków, by postawić barierę płomieniom. Wskutek trzęsienia i pożarów więcej niż trzy czwarte miasta legło w gruzach, włączając w to całe centrum.