Podział Ałtaj dzieli się na trzy części: Ałtaj właściwy (wysoki) – część północno-zachodnia rozczłonkowana na nieregularne pasma o układzie palczastym (Ałtaj Południowy, Góry Kałbińskie, Góry Katuńskie, Ülby, Sajlugem, Góry Czujskie, Góry Kurajskie, Iołgo i inne) poprzedzielane kotlinami śródgórskimi (m.in. Step Czujski) i dolinami rzek. Wznosi się średnio na wysokość 3,5–4 tys. m n.p.m., a najwyższe pasma mają rzeźbę alpejską. Najwyższy szczyt, Biełucha, osiąga wysokość 4506 m n.p.m. Ałtaj Mongolski – część środkowa, złożona z równoległych pasm obniżających się ku południowemu wschodowi i przechodzących w słabo rozczłonkowany i na ogół niski Ałtaj Gobijski. Wznosi się średnio na wysokość 2–4 tys. m n.p.m. Najwyższy szczyt, Chujten, osiąga wysokość 4374 m n.p.m. Ałtaj Gobijski – część wschodnia. Najwyższe partie posiadają rzeźbę alpejską, w niższym przeważają niewysokie, płaskie grzbiety o stromych stokach, pociętych wąwozami. Najwyższy szczyt, Ich Bogd uul, osiąga wysokość 3957 m n.p.m.