Jest wiele niejasności dotyczących tej katastrofy, które nie pozwalają na wyciągnięcie jednoznacznych wniosków. Wciąż do końca nie wiadomo, co wywołało tak potężny wybuch. Niektóre źródła podają, że było to ciało niebieskie, które leciało z prędkością ok. 1,3 km/s z południowego wschodu w kierunku północno-zachodnim i eksplodowało w odległości 65 km na zachód ówczesnej faktorii Wanawara, na wysokości kilku kilometrów nad powierzchnią ZiemiNiezwykłe katastrofy XX wieku, Aleksander Grobicki, s. 13.. Inną niewyjaśnioną zagadką są różne relacje świadków z rejonu rzeki Angara oraz z rejonu rzeki Dolna Tunguzka; relacje te mówią m.in. o różnych kierunkach przemieszczania się obiektu oraz o różnym czasie, w którym obiekt został zaobserwowany. Świadkowie z okolic Angary mówią o wczesnym ranku, Dolnej Tunguzki – o popołudniu. Kolejną tajemnicę stanowi fakt istnienia trzech wywałów drzew na terenie katastrofy, co także zdaje się potwierdzać, iż katastrofa tunguska nie była dziełem jednego obiektu.