Wiosną 1609 zabudowania klasztorne zajął drugi z Dymitrów Samozwańców, jesienią tego samego roku armia moskiewska odbiła monaster. 14 marca 1613 Michaił Romanow, ukrywający się w Monasterze Ipatiewskim, został wybrany na nowego cara rosyjskiego. Po rewolucji październikowej monaster został zamknięty, przed rozbiórką uratowało go uznanie za zabytek o wysokiej wartości artystycznej i historycznej oraz adaptacja na muzeum po II wojnie światowej. Rozebrana została jedynie jedna z cerkwi klasztornych.
Po upadku ZSRR, mimo protestów historyków (muzeum należało do największych w Rosji, posiadając ponad 400 tys. eksponatów), monaster został zwrócony prawosławnym i po zakończeniu prac konserwatorskich i restauracyjnych ma ponownie zostać konsekrowany. Odbudowana cerkiew będzie nosiła wezwanie Świętych Męczenników Romanowów.
Architektura Najważniejszym zabytkiem zespołu klasztornego jest sobór Św. Trójcy. Został on wzniesiony w 1652 na miejscu wcześniejszej katedry, zniszczonej w XVII w. przez wybuch prochu. We wnętrzu zachował się barokowy ikonostas z 80 ikonami.