W 1992 roku Borgonovo odszedł do Pescary Calcio. W sezonie 1992/1993 był najlepszym strzelcem Pescary zdobywając 8 goli, ale klub ten został zdegradowany do Serie B. Na początku 1994 roku Stefano odszedł do Udinese Calcio, a w 1994 roku był wypożyczony do Brescii Calcio. Karierę zakończył w 1996 roku jako gracz Udinese.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1981/82 Como Calcio Serie A 1 0 1982/83 Como Calcio Serie B 17 1 1983/84 Como Calcio Serie B 16 2 1984/85 S.S. Sambenedettese Calcio Serie B 33 13 1985/86 Como Calcio Serie A 29 10 1986/87 Como Calcio Serie A 18 2 1987/88 Como Calcio Serie A 15 1 1988/89 AC Fiorentina Serie A 30 14 1989/90 A.C. Milan Serie A 13 2 1990/91 AC Fiorentina Serie A 23 1 1991/92 AC Fiorentina Serie A 14 3 1992/93 Delfino Pescara 1936 Serie A 28 9 1993/94 Delfino Pescara 1936 Serie B 7 2 1993/94 Udinese Calcio Serie A 12 5 1994/95 Brescia Calcio Serie A 14 0 1995/96 Udinese Calcio Serie A 7 0
Kariera reprezentacyjna W latach 1985–1986 Borgonovo zaliczył trzy mecze i zdobył jedną bramkę w reprezentacji Włoch U-21. Z kolei 22 lutego 1989 zadebiutował w pierwszej reprezentacji Włoch w wygranym 1:0 towarzyskim meczu z Danią, gdy w 74. minucie zmienił Gianlukę Viallego.