Usunięto je w 1875, kiedy obiekt przeszedł ponownie w ręce prawosławnych. W 1867 cerkiew otrzymała dar od cara Aleksandra II w postaci kompletu szat i naczyń liturgicznych oraz ewangeliarza. W 1878 rozpoczęto budowę kolejnej, jeszcze okazalszej cerkwi, którą poświęcono 8 maja 1881. Starą cerkiew w 1884 r. rozebrano, a z jej elementów zbudowano nowy kościół, który przed II wojną światową przeniesiono do źródełka w miejsce dawnej kaplicy (do tzw. Krynicy). W nowej świątyni, obok tradycyjnie czczonej ikony Matki Boskiej, znalazły się również ikony Jezusa Chrystusa Tronującego, Mikołaja Cudotwórcy i Najświętszej Maryi Panny. W dzwonnicy znajdowało się 5 dzwonów różnej wielkości.
W czasie I wojny światowej większość prawosławnych w wyniku bieżeństwa została zmuszona do opuszczenia Hodyszewa, zabierając ze sobą ikonę (wróciła do Polski w 1926, do Hodyszewa 24 maja 1928). Cerkiew została przejęta przez kościół rzymskokatolicki, rozebrano plebanię i zamknięto cmentarz prawosławny (zachowało się jedynie kilka nagrobków pomiędzy grobami katolickimi).