Uruchomiono również trasy kolejowe z Ufy do Kiniela (1888) i Złatoustu (1890).
W 1910 roku łączna długość ulic w Ufie wynosiła 122 km, z czego utwardzonych było tylko 15 km.
Obecny dworzec kolejowy w Ufie został wybudowany w 1968 roku. W 2006 roku odbyła się gruntowna renowacja. Obecnie budynek stacji może pomieścić nawet 6000 osób. Linie kolejowe biegną z miasta w kierunkach: Magnitogorsk, Czelabińsk, Samara, Orenburg i Uljanowsk. 4 czerwca 1989 roku w pobliżu Ufy miała miejsce katastrofa kolejowa, w wyniku której zginęło wedle różnych szacunków od 575 do 675 osób.
Ufa jest połączona z Moskwą dwiema drogami federalnymi: M7 rozpoczyna się w mieście i kończy w Moskwie, zaś M5 przebiega przez południową część miasta, łącząc Moskwę z Czelabińskiem.
Na południe od miasta znajduje się port lotniczy (kod IATA: UFA), z licznymi połączeniami krajowymi oraz zagranicznymi. W mieście swoją siedzibę ma linia lotnicza Air Bashkortostan, a w latach 1993–2007 również linia BAL Bashkirian Airlines.