Poprzez motu proprio Quod maxime z dnia 30 września 1928, Pius XI powierzył PIB naukową niezależność od PCB, umożliwiając Instytutowi nadawanie stopnia doktora.
Od 1928 roku Instytut jest stowarzyszony z Papieskim Uniwersytetem Gregoriańskim i Papieskim Instytutem Wschodnim.
Rektorzy Leopold Fonck – od 1909 do 1930 Augustin Bea – od 1930 do 1949 Ernest Vogt – od 1949 do 1963 Roderick A. MacKenzie – od 1963 do 1969 Carlo Maria Martini – od 1969 do 1978 Maurice Gilbert – od 1978 do 1984 Albert Vanhoye – od 1984 do 1990 Klemens Stock – 1990 do 1996 Robert F. O'Toole – od 1996 do 2002 Stephen Pisano – od 2002 do 2008 José María Abrego de Lacy – od 2008 do 2014 Michael Kolarcik – od 2014 do 2024
Biblioteka
Wraz z Instytutem została założona biblioteka, która uważana jest za nieodłączną część Instytutu. Pierwszy jej zbiór powstał z duplikatów Biblioteki Watykańskiej. Następnie był on systematycznie rozwijany. Dziś jest on ceniony przez badaczy z całego świata.