Dopiero wtedy następuje tworzenie właściwego kodu źródłowego. Przy złożonych aplikacjach korzysta się z zaawansowanych środowisk IDE wyposażonych w szereg dodatkowych menedżerów pokazujących różne informacje o strukturze aplikacji oraz w rozbudowany system wykrywania i usuwania błędów. Popularnymi środowiskami IDE są Visual Studio firmy Microsoft oraz projekt Eclipse nadzorowany przez IBM.
Obecnie istotnym zagadnieniem jest kontrolowanie wersji kodu źródłowego, który często jest modyfikowany w sposób rozproszony przez wielu programistów. Im większy projekt (np. taki jak system operacyjny: FreeBSD, NetBSD, GNU/Linux itp.) tym większe znaczenie ma integrowanie wielu zmian oraz zarządzanie nimi (np. śledzenie zmian niezależnie np. od przemieszczania się plików itp.). Do takich systemów zaliczyć można np. CVS, Subversion, svk, Git, Bazaar i inne. Wiele dużych, komercyjnych środowisk programistycznych zintegrowanych jest w system kontroli wersji.