Pod koniec lat pięćdziesiątych, kiedy w Kham rozpoczęła się wojenna zawierucha, Dilgo Czientse wraz z rodziną przedostał się z wielkim trudem do centralnego Tybetu, pozostawiając w Derge cały dobytek, łącznie z cennym księgozbiorem i własnymi rękopisami. Z Tsurphu, siedziby Karmapy leżącej na północny zachód od Lhasy, Rinpocze zdecydował się udać na uchodźstwo. Dilgo Czientse wyruszył w kierunku Bhutanu, dokąd wraz z najbliższymi uczniami i rodziną dotarł po wyczerpującej podróży. Działo się to mniej więcej w tym samym czasie, kiedy Tybet opuścił XVI Karmapa. W pobliżu Thimphu, stolicy Bhutanu, Rinpocze objął posadę szkolnego nauczyciela. Jego reputacja jako w pełni urzeczywistnionego mistrza szybko rosła, wokół niego zaczęło gromadzić się coraz więcej uczniów i na prośbę króla został jego osobistym duchowym doradcą.
Rinpocze odegrał wielką rolę w ocaleniu duchowej spuścizny swojego kraju, zbierając i publikując wiele rzadkich tekstów buddyjskich, które zostałyby stracone na zawsze w wyniku polityki rządu komunistycznych Chin opartej na systematycznym niszczeniu klasztornych uniwersytetów i bibliotek w Tybecie. Sam Dilgo Czientse napisał wiele komentarzy, tekstów medytacyjnych i wierszy – słynął z niezwykłej mądrości i znajomości nauk.