W latach 1874–1876 Emile pracował jako wykładowca na wydziale literatury Uniwersytetu w Nantes. Tam poznał oraz poślubił Aline Poincaré, siostrę matematyka Henriego Poincarégo. W 1880 urodził mu się syn, Pierre Boutroux, który w przyszłości stał się dość znanym matematykiem oraz historykiem nauki.
W 1888 roku, Emile został mianowany profesorem filozofii współczesnej na paryskiej Sorbonie. W 1898 został mianowany na członka Akademii Nauk, a w 1912 został wybrany do Akademii Francuskiej.
Émile Boutroux zmarł w 1921 roku w Paryżu w wieku 76 lat.
Ważniejsze dzieła De la contingence des lois de la nature (soutenance de thèse, 1874) La Grèce vaincue et les premiers stoïciens (1875) La Philosophie des Grecs, de E. Zeller (traduction, 1877–1884) La Monadologie, de Leibnitz (1881) Socrate, fondateur de la science morale (1883) Les Nouveaux Essais, de Leibnitz (1886) Questions de morale et d’éducation (1895) De l’idée de loi naturelle dans la science et la philosophie (1895) Études d’histoire de la philosophie, Paris, Félix Alcan (1897) Du devoir militaire à travers les âges (1899) Pascal (1900) Essais d’histoire de la philosophie (1901) La Philosophie de Fichte.