Był konsultorem Komisji ds. Rewizji Kodeksu Prawa Kanonicznego Kościołów wschodnich i Komisji ds. Relacji z Islamem przy Sekretariacie ds. Niechrześcijan (dziś: Papieska Rada ds. Dialogu Międzyreligijnego). Na początku grudnia 2003, kiedy w Iraku od 8 miesięcy trwała wojna, Jan Paweł II zwołał w Watykanie Synod Biskupów Kościoła chaldejskiego, który obradował pod przewodnictwem kard. Ignace'a Moussy I Dauda, ówczesnego prefekta Kongregacji dla Kościołów Wschodnich, i 3 grudnia wybrał Emmanuela Delly'ego na Patriarchę Babilonii. Tego samego dnia decyzja synodu została zatwierdzona przez Papieża. Nowy Patriarcha, który stał się ipso facto przewodniczącym zgromadzenia irackich biskupów katolickich, potwierdził wierność Kościoła chaldejskiego Następcy Piotra i zapewnił, że będzie zabiegał o jedność Kościoła, którego sytuacja na Bliskim Wschodzie, a zwłaszcza w Iraku jest niełatwa. 21 grudnia odbył się ingres do katedry patriarchalnej św.