Cerkiew w Kobylanach ponownie przeszła we władanie Kościoła prawosławnego wskutek likwidacji unickiej diecezji chełmskiej w 1875. Nadal była siedzibą parafii i należała odtąd do wikariatu lubelskiego eparchii chełmsko-warszawskiej, do którego zaliczono wszystkie placówki duszpasterskie przejęte przez Rosyjski Kościół Prawosławny po unitach. Na kilka lat przed likwidacją diecezji chełmskiej z unickiej cerkwi w Kobylanach korzystało 817 parafian. W 1886 kobylańska cerkiew została prowizorycznie odnowiona przez miejscowych parafian. Wzmocniono wówczas konstrukcję jej ścian i dachu, a we wnętrzu wykonano skromną dekorację malarską. W latach 80. XIX w. cerkiew otrzymała od kupców moskiewskich ok. 600 rubli.

Cerkiew murowana mały|Brama wjazdowa na teren cerkwi mały|Widok cerkwi przed remontem

W 1890 na potrzeby kobylańskiej parafii wzniesiono nową cerkiew, tym razem murowaną, z cegły. Projekt budynku opracował architekt Wiktor Syczugow, członek Cesarskiej Akademii Sztuk Pięknych;