Biotop Lin żyje głównie w płytkich, szybko nagrzewających się jeziorach i stawach, z bujną roślinnością wodną i mulistym dnem, oraz w wolno płynących, nizinnych rzekach, o ilastym dnie, w miejscach zacisznych i zarośniętych, tj. w spokojnych zakolach, łachach i starorzeczach. Najliczniej jednak pojawia się w spokojnych, mulistych zbiornikach o głębokości do 2 metrów, z obfitą roślinnością. W głębszych jeziorach bytuje w strefie przybrzeżnej. Dobrze rozwinięta roślinność wodna, wśród której w Polsce są m.in. osoka aloesowata i różne gatunki rdestnic, zapewnia ochronę przed drapieżnymi gatunkami ryb. Dla narybku lina niebezpieczne są zwłaszcza szczupak pospolity, okoń pospolity i węgorz europejski. Jest wyjątkowo odporny na niekorzystne warunki środowiska, w którym bytuje, w tym duże amplitudy temperatury wody, w zakresie od 4 do 24 °C, i okresowy niedobór tlenu. Nie toleruje jednak wody o zbyt kwaśnym odczynie – poniżej 5,5 w skali pH, ani o odczynie zbyt zasadowym – powyżej 9,0 w skali pH. Wiadomo, że pojawia się również w wodach słonawych, np. w zalewach Morza Bałtyckiego.