Po powstaniu udał się do Aten, gdzie aresztowano go i zesłano na wyspę Gawdos.
Lata II wojny światowej i wojny domowej W maju 1941, po inwazji armii niemieckiej na Grecję, uciekł z Gawdos i rozpoczął podziemną działalność przeciw okupacji niemieckiej, początkowo na Krecie, później w Atenach i Salonikach. W 1942 wybrano go do Centralnego Komitetu partii i wyznaczono opiekunem organizacji partyjnej KPG w lewicowej, republikańskiej Greckiej Ludowej Armii Wyzwoleńczej (ELAS), w greckiej prowincji Macedonia. W maju 1944 Wafiadisa wybrano delegatem z Salonik na krajowy zjazd w miejscowości Koryschades, jednak nie mógł w nim uczestniczyć. W listopadzie 1944 wszedł w spór z założycielem ELAS i także jednym z głównych dowódców partyzanckich Arisem Weluchiotisem, nie ufającym aliantom. Weluchiotis podkreślał, jako najważniejszy cel ELAS, walkę o suwerenność Grecji i rzeczywistą, ludową demokrację, ale jeszcze nie o komunizm, którego wprowadzanie byłoby przedwczesnePrzemówienie A.Velouchiotisa w trakcie wiecu EAM, w mieście Larisa, według książki C. M. Woodhouse „The Struggle for Greece 1941-1949”. C.M.W. sprawował wtedy obowiązki dowódcy Brytyjskiej Misji Wojskowej przy greckim Ruchu Oporu.. Weluchiotis postulował przygotowanie się ELAS do walk z wojskami brytyjskimi, czemu Markos Wafiadis stanowczo sprzeciwił się.