W 2002 roku brał udział w igrzyskach olimpijskich w Salt Lake City, gdzie był dziesiąty w biegu na 30 km techniką dowolną i ósmy w sztafecie. Na rozgrywanych cztery lata później igrzyskach olimpijskich w Turynie dwukrotnie zajmował czwartą pozycję: w sztafecie oraz w biegu na 50 km stylem dowolnym (walkę o brąz przegrał o 0,8 s z reprezentantem Austrii Michaiłem Botwinowem). Wystąpił także na igrzyskach w Vancouver, gdzie Francuzi ponownie zajęli czwarte miejsce w sztafecie, a Jonnier był dwudziesty w biegu na 15 km stylem dowolnym. W marcu 2013 roku zakończył karierę.
Jest żołnierzem Francuskich Sił Zbrojnych.
Osiągnięcia Igrzyska olimpijskie 50px Miejsce Dzień Rok Miejscowość Konkurencja Czas biegu Strata Zwycięzca10.9 lutego2002 Salt Lake City30 km stylem dowolnym1:11:31,0 h+1:44,1 min Christian HoffmannDNS14 lutego2002 Salt Lake City2 × 10 km łączony49:48,9 min- Thomas Alsgaard Frode Estil8.17 lutego2002 Salt Lake CitySztafeta 4 × 10 kmSkład drużyny: Alexandre Rousselet, Christophe Perrillat, Vincent Vittoz, Emmanuel Jonnier1:32:45,5 h+3:05,3 minDNF12 lutego2006 Turyn2 × 15 km łączony1:17:00,8 h- Jewgienij Diemientjew4.19 lutego2006 TurynSztafeta 4 × 10 kmSkład drużyny: Christophe Perrillat, Alexandre Rousselet, Emmanuel Jonnier, Vincent Vittoz1:43:45,7 h+37,1 s Włochy4.26 lutego2006 Turyn50 km stylem