Ewakuowane zbiory Ossolineum dotarły w ciągu marca i kwietnia 1944 roku do Krakowa, gdzie w bezpiecznych piwnicach Biblioteki Jagiellońskiej przeczekać miały okres działań wojennych. Zbiory te jednak zostały niespodziewanie w lecie 1944 roku wywiezione przez Niemców dalej na zachód i zmagazynowane w miejscowości Adelin (obecnie Zagrodno) koło Złotoryi na Dolnym Śląsku. Szczęśliwie przetrwały tam wojnę i w 1947 roku zasiliły reaktywowaną we Wrocławiu Bibliotekę Ossolineum.
Druga okupacja sowiecka i podział zbiorów Po ponownym zajęciu Lwowa przez wojska sowieckie, od sierpnia 1944 roku Ossolineum funkcjonowała jako tzw. Sektor Polski do Lwowskiej Biblioteki Akademii Nauk USRR. W tym roku rozpoczętą po raz pierwszy we Lwowie tzw. „akcję oczyszczania zbiorów muzealnych i bibliotecznych z dzieł szkodliwych”, którą kierowali Ukraińcy z Muzeum Sztuki Ukraińskiej. Akcja to polegała na zacieraniu 600-letniej obecności kultury polskiej na tych ziemiach, poprzez gromadzenie różnego rodzaju zbiorów i eksponatów „niepoprawnych ideologicznie”.