Przyczyną zamachów z marca 2009 był narastający konflikt o władzę między prezydentem Vieirą a szefem sztabu sił zbrojnych generałem Batistą Tagme Na Wai. Sięgał on korzeniami początków lat 80. XX w., kiedy to Vieira oskarżył Tagme Na Waia o spiskowanie i zesłał go na kilka lat na jedną z niezamieszkanych wysp u wybrzeży Gwinei Bissau. Po powrocie do Bissau, Tagme Na Wai brał udział w zamachu stanu przeciw rządom Vieiry w latach 1998-1999. Dodatkowym czynnikiem, pogarszającym wzajemne relacje było odmienne pochodzenie etniczne, prezydent Vieira należał bowiem do grupy etnicznej Papel, a generał Na Wai do grupy Balanta"A look at Guinea-Bissau's history of instability", The Miami Herald, 2 marca 2009..
Konflikt między Vieirą i generałem przybrał na sile jesienią 2008. W listopadzie 2008 doszło w Bissau do ataku zbrojnego na posiadłość prezydenta Vieiry. Prezydent zdołał jednak opuścić swoją rezydencję, a zamachowcy zostali powstrzymani przez straże. Prezydent podejrzewał, że za próbą zamachu stali wojskowi związani z generałem Tagme Na Waiem"G-Bissau leader survives attack", BBC News, 23 listopada 2008."Guinea-Bissau President Escapes Coup Attempt", abc News, 23 listopada 2008.. Po tym wydarzeniu Vieira powołał 400-osobową straż prywatną w celu zapewnienia sobie skuteczniejszej ochrony.